PomBase

PomBase
内容
有機體粟酒裂殖酵母
相關信息
研究中心剑桥大学和伦敦大学学院
創始人Antonia Lock, Midori A Harris, Kim Rutherford, Jürg Bähler, Steve Oliver, Valerie Wood
发布日期2011
访问入口
网站PomBase.org
下載地址Downloads
網絡服務地址Genome Browser
工具
其他
许可Public domain
管理政策Professionally and community curated
可否列為書籤Yes

PomBase是一个在线模式生物資料庫（英语：Model organism database），记录了粟酒裂殖酵母（學名：Schizosaccharomyces pombe,又稱裂殖酵母，fission yeast）基因組序列、各基因名稱與位置、與人類基因的同源性等[1]。

參考文獻

  1. ^ Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Hayles, J; Oliver, SG; Bähler, J; Wood, V. PomBase 2018: user-driven reimplementation of the fission yeast database provides rapid and intuitive access to diverse, interconnected information.. Nucleic Acids Research. 13 October 2018, 47 (D1): D821–D827. PMC 6324063 可免费查阅. PMID 30321395. doi:10.1093/nar/gky961. 

外部链接

  • 查
  • 论
  • 编
数据库
  • 测序数据库：GenBank、European Nucleotide Archive（英语：European Nucleotide Archive）、日本DNA数据库(DDBJ)
  • 辅助数据库：UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL 和 蛋白质信息资源（英语：Protein Information Resource）
  • 其它数据库：蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro（英语：InterPro）
  • 专项基因组数据库：酵母基因组数据库（英语：Saccharomyces Genome Database）、FlyBase（英语：FlyBase）、VectorBase（英语：VectorBase）、PomBase、WormBase（英语：WormBase）、PHI-base（英语：PHI-base）、拟南芥信息资源（英语：The Arabidopsis Information Resource）与斑马鱼信息网（英语：Zebrafish Information Network）
软件
  • BLAST
  • Bowtie
  • Clustal
  • EMBOSS（英语：EMBOSS）
  • HMMER（英语：HMMER）
  • MUSCLE
  • SAMtools（英语：SAMtools）
  • TopHat（英语：TopHat (bioinformatics)）
其它
  • 服务器：ExPASy（英语：ExPASy）
  • 本体论：基因本体
机构
文件格式
有关议题
  • 分类 分类
  • 共享资源页面 维基共享