Clustal

CLUSTAL
開發者
  • Des Higgins
  • Fabian Sievers
  • David Dineen
  • Andreas Wilm (全为都柏林大学康维研究所员工)
当前版本1.2.2 (2016年7月1日,​7年前​(2016-07-01)
编程语言C++
操作系统UNIX、Linux、MacOS、Microsoft Windows、FreeBSD、Debian
类型生物信息学工具
许可协议
  • GNU通用公共许可证2.0版
編輯維基數據鏈接
网站www.clustal.org/omega/

Clustal是一类用于多重序列比對生物信息学计算机程序[2]

版本

Clustal软件有如下几个版本:

  • Clustal:最早的版本,由Des Higgins在1988年发表[3]
  • ClustalV:Clustal的第二个版本,1992年发布[4]
  • ClustalW:Clustal的第三个版本,1994年发布[3]
  • ClustalX:Clustal的第四个版本,1997年发布[5]

参考资料

  1. ^ See file COPYING, in source archive [1] (页面存档备份,存于互联网档案馆). Accessed 2014-01-15.
  2. ^ Chenna R; Sugawara H; Koike T; Lopez R; Gibson TJ; Higgins DG; Thompson JD. Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Nucleic Acids Research. July 2003, 31 (13): 3497–500. PMC 168907可免费查阅. PMID 12824352. doi:10.1093/nar/gkg500. 
  3. ^ 3.0 3.1 Higgins DG, Sharp PM. CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer. Gene. December 1988, 73 (1): 237–44. PMID 3243435. doi:10.1016/0378-1119(88)90330-7. 
  4. ^ Higgins DG, Bleasby AJ, Fuchs R. CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment. Computer Applications in the Biosciences. April 1992, 8 (2): 189–91. PMID 1591615. doi:10.1093/bioinformatics/8.2.189. 
  5. ^ Thompson JD; Gibson TJ; Plewniak F; Jeanmougin F; Higgins DG. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research. December 1997, 25 (24): 4876–82. PMC 147148可免费查阅. PMID 9396791. doi:10.1093/nar/25.24.4876. 

外部链接

  • Clustal Homepage (页面存档备份,存于互联网档案馆) (free Unix/Linux, Mac, and Windows download)
  • Clustal Omega mirror at the EBI (页面存档备份,存于互联网档案馆
数据库
  • 测序数据库:GenBank、European Nucleotide Archive英语European Nucleotide Archive日本DNA数据库(DDBJ)
  • 辅助数据库:UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL蛋白质信息资源英语Protein Information Resource
  • 其它数据库:蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro英语InterPro
  • 专项基因组数据库:酵母基因组数据库英语Saccharomyces Genome DatabaseFlyBase英语FlyBaseVectorBase英语VectorBasePomBaseWormBase英语WormBasePHI-base英语PHI-base拟南芥信息资源英语The Arabidopsis Information Resource斑马鱼信息网英语Zebrafish Information Network
软件
  • BLAST
  • Bowtie
  • Clustal
  • EMBOSS英语EMBOSS
  • HMMER英语HMMER
  • MUSCLE
  • SAMtools英语SAMtools
  • TopHat英语TopHat (bioinformatics)
其它
  • 服务器:ExPASy英语ExPASy
  • 本体论:基因本体
机构
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