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| Eopterosauria | - Austriadraco
- Peteinosaurus
- Seazzadactylus
| | Preondactylia | - Austriadactylus
- Preondactylus
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| Eudimorphodontoidea | | Raeticodactylidae | - Raeticodactylus
- Caviramus
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| Eudimorphodontidae | | | Eudimorphodontinae | - Carniadactylus
- Eudimorphodon
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| Macronychoptera | | | Novialoidea | | Campylognathoididae | - Campylognathoides
- Bergamodactylus
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| | Breviquartossa | | Rhamphorhynchidae | - Klobiodon
- Parapsicephalus
| | Rhamphorhynchinae | - Angustinaripterus
- Bellubrunnus
- Cacibupteryx
- Dorygnathus
- Harpactognathus
- Nesodactylus
- Orientognathus
- Qinglongopterus
- Rhamphorhynchus
- Sericipterus
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| Scaphognathinae | - Fenghuangopterus
- Jianchangnathus
- Jianchangopterus
- Scaphognathus
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| Pterodactylomorpha | |
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Pterodactylomorpha |
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| Pterodactylomorpha | | | Monofenestrata | | Darwinoptera | | | Wukongopteridae | - Changchengopterus?
- Cuspicephalus
- Darwinopterus
- Kunpengopterus
- Wukongopterus
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| | Pterodactyliformes | - Changchengopterus?
- Douzhanopterus
| | Caelidracones | | Anurognathidae | - Anurognathus
- Mesadactylus
- Vesperopterylus
| | Batrachognathinae | - Batrachognathus
- Dendrorhynchoides
- Jeholopterus
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| | Pterodactyloidea | | | Lophocratia | | Archaeopterodactyloidea | |
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| Eupterodactyloidea | |
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Archaeopterodactyloidea |
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| Archaeopterodactyloidea | | | Germanodactylidae | - Germanodactylus
- Normannognathus
- Tendaguripterus
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| Euctenochasmatia | | | Ctenochasmatoidea | | Gallodactylidae | - Aerodactylus
- Cycnorhamphus
- Feilongus?
- Moganopterus?
| | Aurorazhdarchidae | - Ardeadactylus?
- Aurorazhdarcho
- Huanhepterus?
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| Ctenochasmatidae | | Ctenochasmatinae | - Beipiaopterus
- Ctenochasma
- Eosipterus
- Gegepterus
- Pterodaustro
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| Gnathosaurinae | - Elanodactylus
- Feilongus
- Gnathosaurus
- Huanhepterus
- Kepodactylus
- Moganopterus
- Plataleorhynchus
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Azhdarchoidea |
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| Azhdarchoidea | | | Tapejaromorpha | - Bennettazhia
- Eopteranodon
- Huaxiapterus
- Keresdrakon
- Nemicolopterus
| | Tapejaridae | - Montanazhdarcho?
- Sinopterus
| | Tapejarinae | - Aymberedactylus
- Bakonydraco
- Caiuajara
- Caupedactylus
- Europejara
- Tapejara
- Tupandactylus
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| Neoazhdarchia | | | Dsungaripteromorpha | | Dsungaripteridae | - Banguela
- Domeykodactylus
- Dsungaripterus
- Herbstosaurus?
- Lonchognathosaurus?
- Noripterus
- Puntanipterus
- Tendaguripterus?
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| Thalassodromidae | |
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| Neopterodactyloidea | | Azhdarchidae | |
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| Chaoyangopteridae | - Chaoyangopterus
- Eoazhdarcho
- Jidapterus
- Lacusovagus
- Shenzhoupterus
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Pteranodontia |
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| Nyctosauridae | - Alamodactylus
- Alcione
- Barbaridactylus
- Muzquizopteryx
- Nyctosaurus
- Simurghia
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| | | Pteranodontoidea | | | Ornithocheiromorpha | | | Lonchodectidae | - Lonchodectes
- Lonchodraco
- Serradraco
- "Palaeornis" cliftii
- Prejanopterus
- Unwindia
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| | Lanceodontia | | | Istiodactylidae | - Istiodactylus
- Liaoxipterus
- Longchengpterus
- Nurhachius
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| Anhangueria | - Aetodactylus
- Brasileodactylus
- Camposipterus
- Cearadactylus
- Cimoliopterus
- Guidraco
- Ludodactylus
- Linlongopterus
| | Boreopteridae | - Boreopterus
- Zhenyuanopterus
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| Hamipteridae | |
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| Ornithocheirae | | Anhangueridae | - Anhanguera
- Liaoningopterus
- Maaradactylus?
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| Ornithocheiridae | - Araripesaurus?
- Arthurdactylus?
- Barbosania?
- Caulkicephalus?
- Haopterus?
- Tropeognathus
| | Ornithocheirinae | |
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