Nextstrain

Nextstrain

Dades
Tipus	lloc web base de dades biològica patogen
Camp de treball	filogènia, virologia i epidemiologia
Lloc web	nextstrain.org

Nextstrain és una col·laboració entre investigadors de Seattle, EUA^[1] i Basilea, Suïssa,^[2] que proporciona una col·lecció d’eines de codi obert per visualitzar la genètica que hi ha darrere de la propagació de brots epidèmics.^[3]

El seu objectiu és donar suport a les mesures de salut pública i la vigilància facilitant la comprensió de la propagació i l'evolució dels patògens. El codi desenvolupat per Nextstrain es posa a disposició del públic a través de, per exemple, github.com i les seves dades estan disponibles i es poden visualitzar de forma accessible a través de les pàgines del lloc web.^[4]

Segons el seu lloc web, l'equip de Nextstrain manté una anàlisi genòmica actualitzada de cadascun dels patògens següents:^[5]

• SARS-CoV-2
• Grip estacional
• Virus del Nil occidental
• Parotiditis
• Zika
• Ebola de l'Àfrica Occidental 2013-16
• Dengue
• Grip aviària
• Xarampió
• Enterovirus D68
• Tuberculosi

El maig de 2020, Nextstrain i Trevor Bedford (professor associat, Fred Hutchinson Cancer Research Center)^[6] van rebre un premi Webby Special Achievement Award per a l'eina web.^[7]

Nextstrain i els seus resultats han estat àmpliament citats durant la pandèmia COVID-19.^{[8][cal citació]}

Referències